Jēkabs Krogzemis dzimis Umurgas pagasta Sārumu muižas Kaijās dzejnieka Ausekļa brāļa Andreja Krogzemja ģimenē kā ceturtais bērns. 1916. gadā viņš pabeidza Maskavas Universitāti, bet jau 1914. gadā strādāja Maskavas kara hospitālī – bija jaunākais ordinators. J. Krogzemis ir specializējies arī Berlīnē un Vīnē.
Laiks no 1915. līdz 1918. gadam jaunajam speciālistam saistīts ar Krievijas armiju – 1915. gadā viņš bija Voroņežas družīnas jaunākais ārsts, bet 1916. gadā – XI divīzijas IV atsevišķās lazaretes ordinators. 1918. gadā atgriezies Latvijā, viņš līdz 1919. gadam ārstēja pāliešus, bet pēc tam līdz 1923. gadam bija Alojas draudzes un pagasta ārsts.
